Tři barokní oltáře v interiéru kostela – hlavní zasvěcený sv. Janu Křtiteli, boční sv. Simeonovi a Navštívení Panny Marie – se postupně restaurovaly v letech 2014–2017. Po poslední úpravě v roce 1928 byl kostelní mobiliář pokryt novodobým olejovým hnědočerným mramorováním, ornamentální řezby byly druhotně opatřeny hliníkovým a bronzovým pokovením. Před obnovou byly oltáře v povážlivém stavu, dřevní hmota byla napadena dřevokazným hmyzem a některé součásti těchto památek byly rozkradené.
Nejdříve byl na všech prvcích mobiliáře proveden restaurátorský průzkum, který se stal vodítkem pro celkovou koncepci restaurování. Na každém z oltářů se podařilo objevit výtvarně živé a temperou malované hnědočervené mramorování z první poloviny 18. století. Průzkumové a restaurátorské práce provedl MgA. David Blahout, Ph.D., významnou finanční účast zajistili zátoňští rodáci žijící v Německu, a to prostřednictvím svého sdružení a německého ministerstva kultury.
V roce 2017 byl podroben důkladnému průzkumu a posléze i restaurování boční oltář sv. Simeona. Pod řemeslně i výtvarně méně kvalitním nátěrem z roku 1928 se zachovalo původní iluzivní mramorování s lazurním žilkováním. Po šetrném sejmutí metálového a bronzového pokovení jednotlivých prvků bylo zrestaurováno zlacení provedené v 18. století tradiční technologií na polimentu. Obzvláště působivým objevem byl nález postříbřených ploch s modrými, červenými a zelenými lazurami, které se zachovaly téměř celoplošně a v nezvykle dobré štafířské kvalitě. Díky nápisu „Franz Feit Nettolitz 1744“ nalezenému během restaurování se také podařilo upřesnit autorství a dataci díla.
Nález barokních povrchových úprav na mobiliáři v kostele sv. Jana Křtitele v Zátoni je unikátní především mírou jejich zachování, ale i uměleckořemeslnou kvalitou, přesahující rámec regionu. Objev byl navíc učiněn na všech významných součástech mobiliáře kostela. Bylo tak možné plnohodnotně restaurovat řemeslně náročné a esteticky nanejvýš působivé povrchové úpravy barokních řezbářských děl.
Restaurátorský zásah proběhl na základě citlivého doplnění reverzibilních retuší. Interpretační rovina zásahu představovala náročný úkol, v jehož průběhu byl postupně upřesňován celkový pohled na prezentaci daných památek. Výsledkem je radikální vizuální proměna interiéru kostela, objev lazur navíc výrazně přispěl k pochopení tradiční barevnosti barokních polychromovaných památek ve středoevropském prostoru.
Za Jihočeský kraj nominovalo územní odborné pracoviště NPÚ v Českých Budějovicích.
Na cenu NPÚ v kategorii objev, nález roku byli navrženi restaurátor MgA. David Blahout, Ph.D., a Sdružení Förderkreis Kirche St. Johannes Enthauptung Ottau e. V., zastoupené předsedou Christophem Anderlem a zakladatelem Franzem Kopanim.