V průběhu 18. a 19. století zaznamenala památka řadu druhotných úprav včetně úpravy střechy a osazení nových trámových stopů a barokních kleneb i klasicistně řešených výplní otvorů. Tyto změny ale nezastřely původní architektonický ráz objektu. Tvrz Kobylků z Kobylího v Podolí představuje i přes četné stavební úpravy a novodobé utilitární zásahy pozoruhodně dochovaný příklad panského síla drobné šlechty z druhé poloviny 16. století. Od roku 1948 po konfiskaci hostince a využíváním místním JZD, později organizací Svazarm objekt postupně chátral a dokonce došlo na vydání demoličního výměru. Střecha stavby byla zcela nefunkční s poškozeným krovem, v jižní části domu chyběly stropní konstrukce nad prvním patrem, rovněž dřevěné stropy v přízemí byly poškozené. Narušená byla statika domu s velkými trhlinami a prověšením barokních kleneb síní v přízemní i patře. Vnitřní a vnější omítky včetně sgrafitové výzdoby byly rozvolněné působením vlhkostí, kterou trpěl celý objekt. Většina výplní otvorů byla poškozená či zcela chyběla. Budova byla dlouho prázdná a bez využití.

Zlom ve stavu tvrze nastal v  roce 2003, kdy objekt získal stávající soukromý majitel Pavel David, který zahájil její památkovou obnovu. Vzhledem k velmi vážnému stavu celé stavby byla obnova zahájena v roce 2004–2005 opravou střechy a první etapou statického zabezpečení. Dokončení zajištění objektu s vložením ocelové ztužující konstrukce nad prvním patrem stavby bylo provedeno v roce 2015. V rámci první stavební fáze došlo k i odvodnění a odvlhčení objektu. Bohužel původní zcela nefunkční krov musel být nahrazen odpovídající kopií a střecha byla nově kryta břidlicovou krytinou. Na tyto práce stavební obnovy navázala v letech 2006–2007 odborná konzervace fasády s restaurováním renesančních omítek, sgrafit a kamenných ostění dle restaurátorského záměru akademického malíře Petra Šafuse, akademického sochaře a restaurátora Jaroslava Jelínka a Michala Patrného. Součástí konzervace a rehabilitace vzhledu fasády domu byla i následná oprava oken, kdy se i přes jejich havarijní stav podařilo během roku 2007 část dochovaných dřevěných klasicistních oken zachránit a restaurovat bratry Zlámalovými. Konzervací zbytků vnitřních omítek s jejich doplněním a ošetřením byla v roce 2011 zahájena oprava interiéru stavby. Již v minulých letech proběhlo formou restaurování ošetření velké centrální fresky s aliančními erby Kobylků v takzvaném veselém pokoji. Obnoveny byly i další dvě malby v této místnosti, opět s aliančními znaky, nalezené na základě sondážních průzkumů. Veškeré tyto restaurátorské práce realizoval Mgr. art. Dušan Rohlík. Protože bylo nutné vzhledem k potřebě záchrany unikátních sgrafit provést v předstihu opravu fasády, došlo následně po usazení stavby k závěrečné sjednocující konzervaci všech průčelí tvrze s lokálním ošetřením omítek a sgrafit, realizované rovněž Dušanem Rohlíkem. Dokončit zbývá již jen pokládku přenesené barokní štětové dlažby na loni upravený povrch a zahradnické úpravy okolí tvrze.

Úspěšně je tak završena téměř patnáctiletá snaha o záchranu této unikátní památky, kdy velký podíl na tomto úspěchu měla finanční pomoc z Programu záchrany architektonického dědictví Ministerstva kultury ČR, která činila 6 660 784 Kč. V současně době již část domu užívá k bydlení rodina vlastníka, v přízemí potom bude pro veřejnost otevřena restaurace a v patře koncertní a přednáškový sál, podkroví bude sloužit k ubytování.