Kostel sv. Kříže je longitudinální raně gotickou stavbou s dvěma ústupkovými portály, pravoúhlým kněžištěm klenutým žebrovou kamennou klenbou, klenutou sakristií, lodí s vysokým dřevěným stropem podepřeným sloupem, se střechami renesanční konstrukce a barokním sanktusníkem. Stěny presbyteria i lodě pokrývají, při obnově kostela, objevené renesanční fresky.

Udržovací práce kostela sv. Kříže započaly již v roce 2003 zrestaurováním obou ústupkových portálů a jejich dveří. Následovala oprava renesančních krovů, břidlicové střešní krytiny a dřevěného stropu v lodi. V podkroví došlo k nálezu pozůstatků malovaného renesančního stropu. Kvalitní řemeslné dílny, které se na rekonstrukci kostela podílely, věnovaly pozornost také obnově fasády. Mocné souvrství omítek, dochované především na fasádách presbyteria, bylo zachováno a omítky doplněny z dobře uleženého vápna, stejně tak i nátěry fasád. Vlhkost byla v kostele snížena natolik, že mohlo být zahájeno odkrývání fresek objevených v sondách na stěnách v interiéru.

Restaurátoři renesanční fresky od roku 2016 postupně odkrývali, fixovali a restaurovali. Obrazy biblického příběhu, kladené v průběhu času vedle sebe, doprovází čtyři erby vratislavských biskupů, umístěné do vrcholu vítězného oblouku. Nejstarší erb patří Jindřichovi I. z Vrbna (v úřadu v letech 1302 - 1319), který jako první z vratislavských biskupů používal knížecího titulu. Během jeho vlády bylo založeno ve vratislavské diecézi mnoho nových kostelů a klášterů, především ve vesnicích. V době jeho pontifikátu nabývá církev ve Slezsku velkých výsad a duchovenstvo se stává zvláštním politickým stavem, který vstupuje do popředí dějin. Malby budou podrobeny dalšímu zkoumání a odbornému hodnocení, které může pomoci upřesnit dobu výstavby kostela. V současnosti se přikláníme k předpokladu, že se tak stalo někdy kolem poloviny 13. století.

V průběhu prací se také podařilo poodhalit zapomenutou historii kostela a potažmo i města Javorníku. Jako jediný z kolonizačních kostelů v okolí Nisy má kamenné prvky zhotoveny z bělostného mramoru, s výjimkou velkého žulového portálu ve vstupu do lodi kostela.

Realizace rekonstrukce této významné památky též doložila pozici vratislavských biskupů v Javorníku v období středověku, a to i před rokem 1341, kdy na biskupský stolec ve Vratislavi usedl Přeclav z Pogarel, přítel a od roku 1352 kancléř českého krále Karla IV. Teprve jemu se podařilo Javornicko definitivně připojit k otmuchovsko-nisskému knížectví vratislavských biskupů.

Obnova kostela byla finančně podpořena z Programu regenerace městských památkových rezervací a městských památkových zón Ministerstva kultury ČR a taktéž, z důvodu jejího nadregionálního významu, díky jejímu zařazení do programu Záchrany architektonického dědictví MK ČR.