V roce 1960 bylo konstituováno Středisko památkové péče a ochrany přírody hl. m. Prahy a schválen organizační řád. Roku 1965 byl zřízen samostatný útvar pro archeologické výzkumy. Název organizace byl několikrát změněn (Středisko státní památkové péče a ochrany přírody, Pražské středisko státní památkové péče a ochrany přírody, Pražský ústav státní památkové péče a ochrany přírody, Pražský ústav památkové péče, Státní památkový ústav v hl. m. Praze), v roce 1991 se oddělila ochrana přírody. Rokem 2000 končí zřizovatelskou funkci Magistrát hl. m. Prahy a zřizovatelem se stává, tak jako u ostatních památkových ústavů, Ministerstvo kultury ČR. Od 1. 1. 2003 dochází ke splynutí všech památkových ústavů v Národní památkový ústav.