Vzhledem k rodovému majetku soustředěnému zejména na jihu Čech probíhaly kontakty Karla Schwarzenberga s Národním památkovým ústavem zejména na jihočeském pracovišti. Jeho někdejší ředitel Ing. Aleš Krejčů vzpomínal, že předání zámku Orlík v 90. letech probíhalo korektně a přátelsky. Podobně se řešila otázka hradu Zvíkova, který nakonec zůstal v majetku státu, respektive ve správě NPÚ. Stejně korektně probíhala později jednání o předání schwarzenberské hrobky v Domaníně do správy Nadačního fondu Schwarzenberské hrobky.

S Národním památkovým ústavem udržoval Karel Schwarzenberg i jiné pracovní nebo přátelské vztahy a podporoval jeho aktivity. V roce 2008 například spolupracoval na konferenci NPÚ s názvem Schwarzenbergové v české a středoevropské kulturní historii. O rok později organizoval osobně v úzké spolupráci s NPÚ jako ministr zahraničí v době předsednictví České republiky v EU neformální zasedání ministrů zahraničních věcí EU na zámku Hluboká nad Vltavou. Se zájmem se v roce 2011 účastnil slavnostního otevření Hradního muzea v Českém Krumlově, na Hluboké pokřtil knihu Poslední ráj Adolfa Schwarzenberga. Společně se zástupci NPÚ se účastnil zádušních mší ve Schwarzenberské hrobce v Domaníně a býval pravidelným čestným hostem zasedání Historického spolku Schwarzenberg na zámku v Třeboni. Vždy s plným zájmem a o pro něj příznačnou noblesou a smyslem pro humor. Tak si ho budou pracovníci NPÚ vždy připomínat. 

Hrady a zámky, jejichž historie je spojena se schwarzenberským rodem, uctí památku pana Karla Schwarzenberga svěšením vlajky na půl žerdi.