Činnost územního odborného pracoviště je rozdělena mezi kancelář ředitele a dva spolupracující odbory, odbor péče o památkový fond, který se podílí především na výkonu památkové péče na svěřeném fondu, a odbor evidence, dokumentace a informačních systémů, jenž zajišťuje převážně podpůrnou činnost související s poznáváním, shromažďováním
a zpřístupňováním informací o spravovaném kulturního dědictví.