Činnost oddělení archeologie nezahrnuje jen provádění archeologických výzkumů. Pracovníci zajišťují množství dalších činností souvisejících s péčí o památkový fond:

• zpracování podkladů pro podání návrhů na prohlášení archeologických lokalit za kulturní památku, návrhy koncepcí jejich ochrany,
• rehabilitace a prezentace,
•  pravidelný terénní monitoring archeologických kulturních památek – revize jejich stavu a územního rozsahu. V Plzeňském kraji se jedná o desítky různých typů lokalit, které vyžadují specifický přístup vzhledem k prostředí, ve kterém se nacházejí: v lesích je dochováno množství mohylových pohřebišť, tvrzišť či zaniklých vsí, které mohou být ohrožovány nešetrnou lesnickou činností a také zvěří. Historickým aglomeracím typu hradiště či města středověkého původu hrozí nešetrná zástavba, kvůli které mohou zanikat dosud dochované terénní relikty (například dnešní obec Hradec u Stoda se rozkládá na slovanském hradišti, kde můžeme dodnes rozsah valového opevnění dobře vysledovat pouze lokálně díky méně husté zástavbě drobných nadzemních staveb, zahrádek a podobně).