Ve spolupráci s územní památkovou správou a často také památkovým dozorem bývají na objektech ve správě NPÚ archeologické výzkumy prováděny již od doby přípravy konkrétního stavebního záměru. V ideálním případě je archeologicky kopanými sondami v předstihu ověřován terén a na základě výsledků průzkumu se stanovují limity pro stavební činnost. Cílem je uchránit a konzervovat dochované situace na svém místě, ale také rozšiřovat poznání o vývoji dané lokality. Archeologický výzkum nepředstavuje jen terénní fázi kopání sond, ale rovněž časově náročnější fázi zpracování nálezů a dat získaných v terénu. Standardní součástí výzkumů je celá řada dalších odborných analýz: antropologická, archeoosteologická, archeobotanická, numismatická a další. Laboratorně jsou ošetřovány archeologické nálezy z různých materiálů, z nichž některé vyžadují odbornou konzervaci (dřevo, kovy). Keramické i skleněné zlomky jsou v možné míře slepovány a rekonstruovány do původních tvarů. Následně jsou nálezy zapisovány do sbírky, evidovány a uloženy v depozitáři.