Neradostná historie mimořádně hodnotného zámeckého komplexu začala již za 2. světové války, po které byl zkonfiskovaný zámek vyrabován a sídlily zde dočasně úřady, armáda i firma Thonet. Pokračovala roku 1951 adaptací zámku na železniční učiliště, přízemí pak bylo využíváno jako sklad obilí a zeleniny. Poté vlastnila areál akciová společnost Z. M. K. a následně Incheba Praha spol. s r. o. Naštěstí nebyl realizován záměr přestřešení obou nádvoří z roku 1994 a necitlivý projekt přestavby na hotel i kongresové centrum z roku 2005.
Dlouhodobě neopravovaný, neudržovaný a z větší části i nevyužívaný zámek v Moravském Krumlově byl na počátku 3. tisíciletí zařazen na seznam ohrožených nemovitých památek. Do střech zatékalo, komíny hrozily zřícením, z ochozu věže vyrůstala náletová zeleň, z renesanční arkády vypadávaly kamenné kuželky balustrády přímo na nádvoří apod.
Při započetí opravy jižního křídla roku 2020 byl potvrzen havarijní stav věže, která si vyžádala rozsáhlou statickou sanaci. Již neopravitelná vrcholová kamenná renesanční lucerna musela být snesena a uložena co by exponát do lapidária v přízemí jižního křídla zámku. Na nově vytesané kopii kamenné lucerny byla opět po restaurování osazena korouhvička se znakem pánů z Lipé a letopočtem 1569. Následovalo technologicky náročné pokrytí zděných kopulí lucerny i tamburu pálenou bobrovkou, kladenou do pokrývačské malty. Dendrochronologií datovaná dubová konstrukce krovu věže do let do let 1564–7 byla zachována s provedením minimálních, nezbytných vysprávek. Na zdivu věže bylo po postavení lešení nalezeno jednoduché kvádrování provedené ve sgrafitové technice. Toto bylo po fixaci přetaženo omítkovým pláštěm s monochromním okrovým nátěrem, vycházejícím z množství dochovaných okrových nátěrů na fasádách zámku. Dle historických fotografií byly na oknech doplněny chybějící venkovní dřevěné žaluziové okenice s doloženým tmavě zeleným nátěrem. Zároveň byla na fasádách věže i jižního křídla restaurována mnohde ještě renesanční kamenná ostění oken a zrestaurována byla i na tomto křídle část arkády velkého nádvoří, které vzhledem k nálezu historických vrstev nebylo nově vydlážděno, ale byl zde obnoven mlatový povrch.
V interiérech během prací docházelo k nálezům historických omítkových vrstev, mnohde i s hodnotnou výmalbou. Ve velkém sále 3. NP jižního křídla bylo objeveno torzo malovaného erbu se zavinutou střelou, patřícího Elišce z Kravař a Strážnice (†1500), manželce Pertolda IV. z Lipé. K největším nálezům pak patří odkrytí a restaurování renesanční dekorativní malířské výzdoby na klenbě v 2. NP věže s motivem iluzivního kazetování ve tvaru osmiúhelníků s vegetabilními motivy s ananasy, dalším ovocem i klasy, oddělené vlysem s dvojicemi gryfů a váz od stěn s rozvilinovým dekorem.
Podvěží se stalo součástí nově vybudované zámecké expozice „šlechtické komnaty“ (prozatím 6 místností), instalované za odborné pomoci Mgr. Marty Sedlákové dle dobových akvarelů a fotografií, a to především z původního historického nábytku, pocházejícího z moravskokrumlovského zámku, dochovaného na okolních státních hradech a zámcích. Interiéry zcela zdevastované za působení učiliště, konečně tedy začínají „vstávat z popela“ a nejen Slovanská epopej Alfonse Muchy, ale i ostatní části zámku se stávají návštěvnicky atraktivní.
Rozsáhlá obnova zámku byla také bedlivě sledována archeology a v souběhu s prováděnými pracemi byl po jednotlivých úsecích prováděn záchranný archeologický výzkum. Výsledky byly v mnohých aspektech překvapivé a významně doplnily současný stav poznání, zejména o středověkém vývoji objektu. Byly odkryty četné pozůstatky opevnění původního středověkého hradu, který stával na místě dnešního zámku a částečně je dodnes dochován v mohutných obvodových konstrukcích. Od města Krumlova byl hrad vydělen širokým příkopem, který překonával bytelný kamenný most. Konstrukce mostu zůstala i po provedených pracích nadále dochována pod zemí, potřebné inženýrské sítě prošly jeho zasypanými oblouky. Na druhé straně zámku, v jeho jihozápadním koutě, byl v branské věži odhalen další středověký vstup, pro ochranu před nevítanými hosty původně vybavený i tzv. vlčí jámou, tedy hlubokou šachtou opatřenou padacím mostem a klíčovými střílnami. Tato se stala součástí expozice a je dnes prezentována veřejnosti.
Na obnovu stále čeká zeleň v bezprostředním okolí zámku. K revitalizaci prostoru předzámčí zámku Moravský Krumlov byla zpracována studie a následně také projektová dokumentace, která řešila prostor vymezený ohradní zdí s ohledem na jeho kulturně historické hodnoty, historicky měnící se způsob využití i archeologické situace. S ohledem na současnou funkci a využití předzámčí, jako místa, které má důstojně doplnit objekt zámku a vstup do zámeckého areálu, má být předzámčí doplněno o výsadbu dřevin, popínavé zeleně u ohradní zdi a mobiliář. Realizace tohoto záměru je plánována na roky budoucí.
Zámek bude primárně sloužit k výstavním účelům, koncertům a pro kulturní i reprezentativní akce města.
Dnes již můžeme konstatovat, že to, že si Město Moravský Krumlov vzalo na sebe dobrovolně břemeno vlastnictví zámku, je pro tento unikátní historický areál, který má být v letošním roce prohlášen kulturní památkou národní, záchranou, prováděnou v čase již pět minut po dvanácté. Věříme, že se v co nejbližší době povede realizovat i opravy dalších křídel, které se již projekčně připravují.
Národní památkový ústav, územní odborné pracoviště v Brně je jedním ze čtrnácti krajských pracovišť NPÚ. Jeho úkolem je v Jihomoravském kraji naplňovat poslání odborné instituce památkové péče dané zejména zákonem o státní památkové péči, např. zpracovávat odborné podklady pro rozhodnutí výkonných orgánů, poskytovat konzultace a odbornou pomoc vlastníkům kulturních památek při jejich obnovách a sledovat stav památkového fondu na území kraje. Pracoviště v Brně zpracovává návrhy na prohlašování věcí či objektů za kulturní památky a podílí se následně na jejich evidenci. Spravuje dokumentační sbírky plánů, fotografií a dalších odborných podkladů ke kulturním památkám, vede veřejně přístupnou knihovnu a vydává odborné publikace.
