NPÚ získal v roce 2009 od Ministerstva kultury ČR status výzkumné organizace a v roce 2017 byl zapsán na Seznam výzkumných organizací vedený Ministerstvem školství, mládeže a tělovýchovy. Plnění úkolů základního a aplikovaného výzkumu je jednou z hlavních činností NPÚ. Koncepčně a systematicky prováděná vědecko-výzkumná činnost s vysokým inovačním potenciálem je předpokladem pro kvalifikovaný výběr a právní ochranu památek a odborné péče o ně.