Jedním z důsledků krajské reformy z roku 2000 bylo přizpůsobování územní struktury nově vzniklého Národního památkového ústavu v letech 2006–2008 nové struktuře krajů. Do té doby totiž krajská pracoviště působila na území socialistických krajů, vzniklých při reformě správního uspořádání Československa v roce 1960. Východočeské pracoviště odborné složky památkové péče – Krajské středisko státní památkové péče a ochrany přírody, poté Památkový ústav a Státní památkový ústav – bylo v roce 1960 umístěno mimo krajské město na zámku v Pardubicích. Nejdříve došlo k předání agendy mezi pracovišti tak, aby obvod stávajících pracovišť kopíroval územní obvody nově vznikajících krajů. Ve východních Čechách vznikly dva menší kraje, Královéhradecký a Pardubický, území okresu Semily bylo přičleněno k obnovenému Libereckému kraji a území okresu Havlíčkův Brod ke Kraji Vysočina. Poté proběhla i odluka spisových a dokumentačních fondů.

Pro nově zřizovaná krajská pracoviště bylo nutné získat a připravit nová sídla. Pro pracoviště pro Královéhradecký kraj, zřizovaného v závěrečné vlně, se hledalo vhodné sídlo v krajském městě. Zadání ministerstva kultury počítalo s nabytím státních objektů převodem a jejich případnou úpravou. Nakonec vedení pardubického pracoviště NPÚ, řízeného Mgr. Jiřím Švecem, získalo za symbolickou cenu 1 Kč východní polovinu dvojitých kasáren a bývalý muniční sklad v areálu bastionu III v Josefově. Obě budovy byly pro potřeby plnohodnotného pracoviště obtížně využitelné a jejich stav ani vzhled neodpovídal tomu, co se očekává od sídla odborné organizace státní památkové péče.

Nově oddělená část bývalých dvojitých kasáren získala samostatné čp. 418. Do prostor bylo od 1. 1. 2004 umístěno detašované pracoviště pro Královéhradecký kraj v obsazení PhDr. Pavel Imrich (vedoucí, restaurování), garanti pro nemovité památky Ing. arch. Vladimíra Paterová (okr. Trutnov), Mgr. Eva Josková (okr. Hradec Králové), Ing. Radomír Rais (okr. Rychnov n. K.), Ing. Lenka Nyklová (okr. Jičín), Mgr. Antonín Rubáček (okr. Náchod), garanti pro movité památky Milan Martinec (okr. Jičín a část okr. Trutnov), Mgr. Jitka Slavíčková (okr. Hradec Králové a Rychnov nad Kněžnou) a Marie Vakulová (okr. Náchod a část okr. Trutnov), posléze Hana Lacinová (administrativní pracovník). Původně bylo předpokládáno zřízení samostatného pracoviště k 1. 1. 2006. Přípravu rekonstrukce objektu vedl Ing. arch. Jan Falta. Rekonstrukce spočívala v nevelkých změnách dispozice, ve výměně sítí, podlah a výplní otvorů a obnově vnějšího vzhledu z doby výstavby pevnosti. I bývalý muniční sklad (prachárna) měl být obnoven do stavu z doby výstavby, což znamenalo provést úpravu okenních a větracích otvorů, zřídit dřevěnou podlahu v původní výši asi 60 cm nad terénem a obnovit dřevěnou konstrukci podlahy patra včetně schodiště. Projekty zpracovávala pardubická firma Archiko (Ing. arch. Milan Košař), dodavatelem stavebních prací se stala plzeňská firma Pegisan, s.r.o. Během stavebních úprav v budově dvojitých kasáren došlo ke změně umístění kanceláří ředitele v 1. patře a ukázalo se, že prostory v patře nebudou pro vznikající pracoviště s přibližně 35 zaměstnanci stačit. Umístění odborné spisovny, dokumentačních fondů a knihovny do patra navíc neumožňovala statika lehkých kleneb nad přízemím. Z těchto důvodů byla pro potřeby pracoviště upravena i východní polovina přízemí, kam byl umístěn odbor evidence, dokumentace a informačních systémů.

Během roku 2007 bylo v Pardubicích připravováno i personální zajištění nového pracoviště s tím, že odborná složka a správa památkových objektů (státní zámky Hrádek u Nechanic, Opočno, Ratibořice s hradem Vízmburk, Náchod a hospitál Kuks) přejdou do Josefova vcelku, zatímco provozní oddělení bude obsazeno nově přijatými pracovníky, vybranými ve výběrových řízeních. Náměstkem odboru památkové péče měl být Ing. arch. Jan Falta, vedoucí odboru péče o památkový fond Ing. Blanka Adámková, vedoucím oddělení evidence a dokumentace Ing. Jiří Slavík a vedoucím provozního oddělení Ing. Jan Fajc. V té době byla ředitelkou pardubického pracoviště Ing. arch. Iva Lánská, se kterou se všeobecně počítalo na místo ředitelky josefovského pracoviště.

V závěru roku 2007 byla dokončena rekonstrukce objektu dvojitých kasáren včetně nutných administrativních úkonů a byl zakoupen nábytek. Obnova muničního skladu byla odsunuta do další etapy.

Prvním dnem činnosti nově zřízeného pracoviště se stal 3. 1. 2008, kdy byli přítomní zaměstnanci seznámeni s nově jmenovaným ředitelem Ing. arch. Janem Čiháčkem. V průběhu následujících tří měsíců bylo pracoviště postupně uvedeno do provozu. Současně probíhala delimitace pardubického pracoviště včetně odborné spisovny, dokumentačních fondů a knihovny. Personální situace byla zpočátku nestabilní, na místo ekonoma nastoupil až 1. května Ing. Luboš Tušl s dřívější zkušeností ekonomického náměstka pardubického pracoviště. Funkci náměstka odboru památkové péče obsadila PhDr. Julie Šulcová, která však kvůli nemoci nastoupila až v květnu 2008, pozici náměstka správy památkových objektů zřízenou v roce 2009 obsadil Václav Klimeš.

K 1. 7. 2009 odvolaného ředitele Ing. arch. Jana Čiháčka nahradil Ing. Oldřich Pešek, dosavadní ekonomický náměstek pardubického pracoviště. V květnu 2010 se stal odborným náměstkem Ing. Jiří Balský, do té doby vedoucí oddělení památkové péče Městského úřadu v Jičíně. Mimořádně stabilní personální situace odborné složky se měnila pouze z přirozených důvodů (odchod do starobního důchodu fotografky Zuzany Pykalové) a kvůli reorganizaci pracoviště, vynucené nepříznivou ekonomickou situací. K 31. 12. 2009 odešli Mgr. Antonín Rubáček (garant památkové péče pro okres Náchod) a Karel Hanuš (fotograf).

Největším projektem již stabilizovaného pracoviště byla příprava a zahájení obnovy hospitálu Kuks v rámci projektu Integrovaného operačního programu (IOP) Kuks – Granátové jablko. Projekt si dal za cíl obnovit budovy areálu, jež byly ve špatném stavu, naplnit je novými funkcemi vzdělávání, ubytování a kulturních aktivit a také rehabilitovat bývalou špitální zahradu a navrátit ji její původní produkční funkci bylinkové zahrady. Ideový koncept zpracovali pod vedením ředitele pracoviště Ing. Oldřicha Peška Václav Klimeš, Jiří Kulhánek, Ing. Luboš Tušl, Ing. arch. Martin Pour, Ing. arch. Vladimíra Paterová, Ing. Jiřina Jelínková, Mgr. Jana Kalferstová, PhDr. Pavel Imrich a Libor Švec, DiS. Stavební práce proběhly v letech 2013–2015, tedy již po provedené reorganizaci NPÚ pod vedením územní památkové správy (ÚPS) na Sychrově.

S účinností od 1. 1. 2013 se uskutečnila reorganizace NPÚ a výrazně zasáhla do podoby již stabilizovaného pracoviště. Úprava organizační struktury instituce měla zvýšit efektivitu jejího fungování. Dosavadní systém založený na krajských pracovištích, která měla v gesci jak výkon památkové péče, tak správu státních hradů a zámků v příslušném kraji, byl transformován tak, že pokračujícím územním odborným pracovištím byly ponechány činnosti související s výkonem památkové péče, včetně vedení základní evidence mobiliárních fondů státních hradů a zámků v příslušném kraji, ale péče o tyto objekty byla převedena do nově vzniklých územních památkových správ, vytvořených vždy pro několik sousedících krajů. Správa hospitálu Kuks, zámků Náchod, Opočno,  Hrádek u Nechanic a Ratibořice s hradem Vízmburk tak byla převedena pod územní památkovou správu na Sychrově, jejíž působnost byla určena pro kraje Liberecký, Královéhradecký a Pardubický. Vítězem výběrového řízení na ředitele transformovaného pracoviště se stal Ing. Jiří Balský. Během roku 2013 se pracoviště vypořádalo s delimitací majetku a závazků a obsazením nově vzniklé pozice vedoucího referátu ekonomiky a provozu, protože všichni dosavadní vedoucí na ekonomických pozicích přešli do ÚPS na Sychrově.

Hlavním těžištěm práce pracoviště je zajištění základních statutárních činností NPÚ. Patří mezi ně konzultační a vyjadřovací činnost a výkon památkového dohledu na kulturních památkách a v památkově chráněných územích. To zajišťuje především odbor památkové péče. Stejně důležité jsou činnosti odboru evidence, dokumentace a informačních systémů, zaměřené na evidenci a dokumentaci památkového fondu a zpřístupňování příslušných informací prostřednictvím nástrojů Integrovaného informačního systému památkové péče. Sem patří i systematické budování odborné knihovny pracoviště, zaměřené na oborovou a regionální literaturu.

Mimo základní statutární povinnosti se josefovské pracoviště věnuje i vzdělávacím a popularizačním aktivitám včetně ediční činnosti. Všechny aktivity směřují k zprostředkování a prezentaci památkové péče široké veřejnosti a budovat tak kladný vztah k našemu kulturnímu dědictví.

Již od počátku své samostatné existence se pracoviště zaměřuje na práci s dětmi a mládeží, pro které připravuje vzdělávací programy a akce. První aktivitou tohoto typu bylo mezi roky 2009–2013 vyhlášení soutěže Čtyři živly v architektuře a v umění zaměřené na rozpoznávání jevů spojených s živly v historické architektuře a výtvarném umění. Nejlepší účastníci soutěže byli v každém ze čtyř ročníků odměněni účastí na tématickém výletě s netradičními prohlídkami.

Pracoviště od roku 2014 pořádá každý měsíc mimo hlavní prázdniny ve spolupráci s Městským muzeem v Jaroměři popularizační přednáškový cyklus pro veřejnost Mezi řádky. Lektorsky jsou zajištěny jak vlastními zaměstnanci, tak externími přednášejícími.

V roce 2015 proběhl první ročník odborného semináře na vybrané materiálové téma. Jednodenní seminář pro pracovníky památkové péče, řemeslníky a další zájemce je každoročně pořádán v prostředí bývalé kruhové cihelny v Šárovcově Lhotě. Dosavadní ročníky byly věnovány cihlám a hlíně, betonu a dalším cementovým výrobkům, pískovci, oceli a litině a sklu. K tématu hlíny a cihlářství byl program upraven pro děti základní školy a byl úspěšně ověřen se základní školou Křišťál z Jaroměře. V návaznosti na tyto semináře začalo pracoviště vydávat pracovní sešity zaměřené především na děti prvního stupně základní školy. Jednotlivé pracovní sešity jsou věnovány buď vybranému řemeslu, nebo různým stavebním typům. Dosavadní sešity představily cihlářství, výrobu cementových výrobků, lidovou architekturu v Královéhradeckém kraji, gotické kostely ve východních Čechách a město Úpice.

Pracoviště rovněž vydává v edici Monumenta vivent sborník, věnovaný oborovým tématům památkové péče v Královéhradeckém kraji. První svazek Polní opevnění od třicetileté války do roku 1945 vyšel v roce 2010 jako výstup ze stejnojmenné konference, uskutečněné v říjnu roku 2008. V roce 2015 začalo pracoviště vydávat za podpory Krajského úřadu Královéhradeckého kraje skládací letáky ediční řady Kulturní památka a Chráněné území, jejichž účelem je představit široké veřejnosti vybrané méně známé kulturní památky nebo celá památkově chráněná území, které lze navštívit, a tím je podporovat. 

Další činnost představují výstavní projekty. Prvním z nich byla v roce 2010 výstava připravená k tématu V náruči památkové péče, jež představila prvních třináct městských památkových zón na území Královéhradeckého kraje vyhlášených v roce 1990. Další dvě výstavy vznikly v roce 2018 v rámci připomenutí sta let od vzniku samostatné Československé republiky. Výstava Architektura ve službách první republiky: Královéhradecký kraj představila na příkladu téměř dvou desítek významných staveb a urbanistických celků architektonickou tvorbu první republiky na území Královéhradeckého kraje. Druhá výstava s názvem Památná místa Královéhradeckého kraje představila dvacet příběhů lip svobody a téměř šedesáti památníků, pomníků a pamětních desek obětem 1. světové války. Obsahově s touto výstavou souvisí publikace Lípy Svobody v Královéhradeckém kraji, která představila formou výtvarně pojatého katalogu všechny dohledané a dosud rostoucí lípy svobody, vysazené především v prvních letech po vzniku Československa. Zatím poslední prezentovanou výstavou byla ta s názvem Albrecht z Valdštejna – velký stavebník (1621–1634), která představovala známého vojevůdce spíše jako velkorysého stavebníka obklopeného význačnými umělci své doby.

V roce 2018 navázalo pracoviště spolupráci se Základní uměleckou školou F. A. Šporka v Jaroměři. Společný projekt s výtvarným oborem založený na komentovaných vycházkách spojených s výtvarnou činností byl zaměřen na poznávání a výtvarné znázornění architektury historického centra Jaroměře.

V témže roce se pracoviště poprvé zapojilo v Kuksu do Hradozámecké noci a festivalu Theatrum Kuks. Uspořádalo poznávací a výtvarné dílny pro rodiče s dětmi, zaměřené na barokní urbanismus a architekturu Kuksu, barokní sochařství a odívání.

NPÚ, ÚOP v Josefově se rovněž věnovalo podpoře oborového i mezioborového dialogu pořádáním konferencí. V roce 2016 jsme byli spolupořadateli konference Lidová architektura – Broumovsko. V reakci na několik požárů významných dřevěných památek jsme v roce 2017 uspořádali v Hradci Králové za podpory Královéhradeckého kraje konferenci na téma Možnosti požární ochrany historických budov se zaměřením na budovy dřevěné. Konference přispěla k prohloubení dialogu mezi Národním památkovým ústavem a Hasičským záchranným sborem a nastartovala užší spolupráci obou krajských pracovišť.

Nelze opomenout i činnost vědeckovýzkumnou. Řada zaměstnanců pracoviště se vedle svých základních pracovních úkolů systematicky věnuje vybraným kulturně-historickým tématům. Například Jiří Slavík, Miloš Buroň a Eliška Racková mimo ověřování metod operativního průzkumu a dokumentace zpracovávali téma gotiky a rané renesance ve východních Čechách. Petr Arijčuk se dlouhodobě věnuje barokní malbě a Vladimíra Paterová architektuře 2. poloviny 20. století. Matouš Jirák a Eva Macková zpracovávají téma historických tisků zámeckých knihoven a Jan Tlučhoř a Petra Machová se věnují výzkumu a dokumentaci industriální architektury.