Národní památkový ústav má statut vědecko-výzkumné instituce. Vedle zajišťování péče o památkový fond a jeho dokumentaci a evidenci se věnujeme vědě a výzkumu. V současné době se podílíme na výzkumných záměrech řešených v rámci Institucionální podpory na dlouhodobý koncepční rozvoj výzkumné organizace (DKRVO) a Programu aplikovaného výzkumu a vývoje národní a kulturní identity (NAKI).