Pracovníci odboru evidence, dokumentace a informačních systémů provádějí také uměleckohistorické, historické a archivní průzkumy movitých i nemovitých památek nebo věcí, které by památkami mohly být, monitorují jejich stav a upozorňují na možná ohrožení. Kromě toho vypracovávají návrhy na prohlášení dalších cenných staveb a předmětů kulturními památkami, jež Národní památkový ústav předkládá ministerstvu kultury, a na základě svých podrobných znalostí rozvíjejí metodiku průzkumů a dokumentace památkového fondu.

Naši pracovníci spolupracují s Policií České republiky na ochraně historických předmětů před krádežemi a jejich prodejem do zahraničí, případně pomáhají pátrat po těch, které byly odcizeny. NPÚ se zaměřuje na památkově a uměleckohistoricky cenné předměty sakrální povahy, jež jeho pracovníci soustavně mapují, dokumentují a evidují. Na základě údajů z této evidence následně zpracovávají pro Policii České republiky podklady pro pátrání po odcizených předmětech (fotografie, popisy a další údaje). Pokud je předmět vypátrán, je pak jejich úkolem doložit, že jde skutečně o hledané dílo.

Stejně pečlivě jako jiné památky eviduje a dokumentuje NPÚ rovněž vybavení památek, které sám spravuje, tedy mobiliář a historické (zámecké a hospitální) knihovny.